Cha của Mộ Dung Siêu là Bắc Hải vương Mộ Dung Nạp (慕容納) tại nước Tiền Yên. Mộ Dung Nạp là con trai của hoàng đế Mộ Dung Hoảng và là em trai của hoàng đế Mộ Dung Tuấn. Sau khi Tiền Tần tiêu diệt Tiền Yên vào năm 370, hoàng đế Phù Kiên của Tiền Tần ban đầu phong cho Mộ Dung Nạp làm Quảng Vũ thái thú, song sau đó Mộ Dung Nạp đã bị tước bỏ chức vụ và phải di chuyển cùng mẹ là Công Tôn phu nhân và vợ là Đoàn phu nhân đến chỗ em trai Mộ Dung Đức, người đang là thái thú ở quận Trương Dịch (張掖, gần tương ứng với Trương Dịch, Cam Túc ngày nay). Sau đó, khi Mộ Dung Đức và Mộ Dung Thùy nổi dậy chống lại Tiền Tần vào năm 384, Mộ Dung Thùy lập nước Hậu Yên và trở thành hoàng đế, thái thú Trương Dịch là Phù Xương (苻昌) của Tiền Tần đã bắt giữ và giết chết Mộ Dung Nạp cùng tất cả con trai của Mộ Dung Đức và Mộ Dung Nạp. Vào lúc đó, Đoàn thị chưa bị giết vì bà đang mang thai, song bà cũng bị cầm tù trong ngục của quận.[4][5]

Tuy nhiên, ngục duyện Hô Diên Bình (呼延平) là cố lại của Mộ Dung Đức, từng mang tử tội song được Mộ Dung Đức miễn cho, người này đưa Công Tôn thị và Đoàn thị chạy thoát đến vùng đất của các bộ lạc người Khương, Đoàn thị sinh hạ Mộ Dung Siêu ở đó.[4]